και μετά έχουμε πιο καθαρή εικόνα της πολιτικής σκηνής. Παρατηρούμε δύο αντιμαχόμενες παρατάξεις μέσα στην πρώτη τάξη των ευγενών, που παίρνουν διαμετρικά αντίθετες θέσεις στα προβλήματα της εποχής τους.
Κυρίαρχο πρόβλημα της εποχής εκείνης ήταν η επανάσταση των ιωνικών πόλεων κατά των Περσών και ο ενδεχόμενος περσικός κίνδυνος για την ίδια τη χώρα.
Οι ολιγαρχικοί υποστήριζαν ότι η Αθήνα έπρεπε να μείνει ουδέτερη και να μην προβεί σε κανένα μέτρο που θα μπορούσε να επισύρει την οργή των Περσών. Αντίθετα, οι δημοκρατικοί υποστήριζαν ότι έπρεπε να βοηθήσουν τις αδελφές ιωνικές πόλεις και, ταυτόχρονα, να προετοιμάσουν την άμυνά τους σε συνεργασία με τη Σπάρτη και τις άλλες ελληνικές πόλεις, συνάπτοντας συμμαχία μαζί τους, ώστε να αντιμετωπίσουν τον Περσικό κίνδυνο όλοι οι Έλληνες ενωμένοι.
Οι δημοκρατικοί πέτυχαν με την έγκριση της εκκλησίας του δήμου να σταλεί μια μικρή βοήθεια από είκοσι πλοία στις ιωνικές πόλεις. Η βοήθεια αυτή, γράφει ο Ηρόδοτος: στάθηκε αφορμή συμφορών στους Έλληνες και τους βαρβάρους.
Οι αποτυχίες των Ιώνων και η επικείμενη περσική απειλή έπαιξαν αποφασιστικό ρόλο στις πολιτικές εξελίξεις στην Αθήνα.
Η παράταξη των ολιγαρχικών κατάφερε να συνασπίσει όλους εκείνους που ήθελαν να αποτρέψουν την εμπλοκή της Αθήνας στον ιωνοπερσικό πόλεμο. Με τους ολιγαρχικούς τάχθηκαν οι ουδετερόφιλοι υποστηρικτές της ειρήνης και οι φίλοι του τυράννου Ιππία, που είχε καταφύγει στην Περσία μετά την πτώση της τυραννίας. Στον συνασπισμό αυτόν προσχώρησαν και οι Αλκμεωνίδες συγγενείς του Κλεισθένη: ο ανεψιός του Μεγακλής και ο Αλκιβιάδης ο πρεσβύτερος, παππούς του μετέπειτα γνωστού μας Αλκιβιάδη.
Ο Συνασπισμός Ολιγαρχικών–Τυραννόφιλων–Αλκμεωνιδών κατάφερε να εκλέξει άρχοντα το 496 π.Χ. τον Ίππαρχο, συγγενή και φίλο των τυράννων. Η εκλογή του τυραννόφιλου Ίππαρχου σηματοδότησε τον κίνδυνο που διέτρεχε το πολίτευμα του Κλεισθένη.
Ο κίνδυνος αυτός ενεργοποίησε τους εχθρούς των τυράννων και στην πολιτική σκηνή παρουσιάστηκαν νέοι άνδρες, όπως ο Αριστείδης, ο Ξάνθιππος (πατέρας του Περικλή) και ο Θεμιστοκλής, που τάχθηκαν όλοι με τη δημοκρατική παράταξη. Με τους δημοκρατικούς τάχθηκε και ο ποιητής Φρύνιχος, που ήταν πολύ δημοφιλής, και το ανέβασμα στο θέατρο της τραγωδίας του "Μιλήτου Ἅλωσις" έκαμε τους Αθηναίους "να ξεσπάσουν σε κλάματα" (ἐς δάκρυά τε ἔπεσεν τὸ θέητρον) και να αισθανθούν ενοχή που άφησαν τους αδελφούς Ίωνες αβοήθητους. Η πτώση και η καταστροφή της Μιλήτου (494 π.Χ.) τους συγκλόνισε και βλέποντας τους Πέρσες να καταλαμβάνουν τη μια πόλη μετά την άλλη –τη Χίο, τη Λέσβο, την Τένεδο– και το στόλο τους να περιπολεί τον Ελλήσποντο και το Βόσπορο, άρχισαν να ανησυχούν και να εγκαταλείπουν την πολιτική ειρήνης και εφησυχασμού των ολιγαρχικών. Το 493 π.Χ. εκλέγουν άρχοντα τον Θεμιστοκλή και του αναθέτουν να προχωρήσει αμέσως στην οχύρωση της Αθήνας. Το σχέδιο του Θεμιστοκλή ήταν να κατασκευάσει ισχυρό πολεμικό στόλο και να μετατρέψει τον Πειραιά, με τα τρία φυσικά λιμάνια του, σε μεγάλο οχυρό, με τείχος που θα οχύρωνε τον ανοιχτό όρμο του Φαλήρου. Το σχέδιο του Θεμιστοκλή δεν πρόλαβε να πραγματοποιηθεί, γιατί την κρίσιμη εκείνη εποχή παρουσιάζεται στην πολιτική σκηνή ο Μιλτιάδης, απόγονος του Μιλτιάδη εκείνου που είχε δημιουργήσει την αθηναϊκή αποικία στη Χερσόνησο. Ο Μιλτιάδης πολέμησε κατά την Περσών στο πλευρό των εξεγερμένων Ιώνων και είχε σημαντικές επιτυχίες, καταλαμβάνοντας τη Λήμνο και την Ίμβρο. Μετά την καταστολή της ιωνικής εξέγερσης ήρθε στην Αθήνα με τους θησαυρούς και την ακολουθία του.
Οι ολιγαρχικοί χάρηκαν, γιατί τον θεώρησαν ως τον φυσικό τους ηγέτη.