Ο Κλεισθένης προχωράει πιο πέρα από τον Σόλωνα και παραχωρεί το δικαίωμα του Αθηναίου πολίτη σε όλους τους κατοίκους της Αττικής, Αθηναίους και μετοίκους, Ίωνες και "Οργεώνες", πλούσιους και φτωχούς, χωρίς καμιά απολύτως διάκριση.
Έγιναν όλοι δημότες του δήμου της κατοικίας τους και γράφτηκαν υποχρεωτικά στα "ληξιαρχικά γραμματεία", δηλαδή στους δημοτικούς καταλόγους του δήμου τους. Στο εξής ο κάθε Αθηναίος υποχρεωνόταν να αναφέρει στα στοιχεία της ταυτότητάς του –εκτός από το όνομά του και το όνομα του πατέρα του– όχι το όνομα του γένους του, αλλά το όνομα του δήμου στον οποίο ανήκε. Για να αποτρέψει το ενδεχόμενο να συγκεντρωθούν με τον καιρό όσοι ανήκαν στο ίδιο γένος στους δήμους της ίδιας φυλής, όρισε ότι όποιος αλλάζει τόπο κατοικίας, δεν θα γράφεται δημότης στον δήμο που μετοίκησε, αλλά θα παραμένει δημότης του αρχικού του δήμου.
Έτσι έσπασε η πολιτική σύνδεση των αρχηγών των γενών με τα μέλη τους και δεν μπορούσε να γίνει εκμετάλλευση του συγγενικού και θρησκευτικού αισθήματος για πολιτική επιρροή. Απέκοψε τους αρχηγούς των γενών από την πηγή από την οποία αντλούσαν τη δύναμή τους, και τους απλούς Αθηναίους από την πολιτική κηδεμονία των αρχηγών τους. Στη θέση της ομάδας δημιούργησε άτομα-πολίτες. Τη θέση του πιστού μέλους πήρε ο υπεύθυνος πολίτης.
Ο Κλεισθένης δεν δημιούργησε δικό του πολίτευμα, αλλά έθεσε σε εφαρμογή το πολίτευμα του Σόλωνα, βελτιωμένο προς το δημοκρατικότερο. Την εξουσία θα ασκούσαν οι άρχοντες, οι οποίοι και στο νέο πολίτευμα έπρεπε να ανήκουν υποχρεωτικά στην πρώτη τάξη των ευγενών, την εποπτεία δε της πολιτείας θα ασκούσε η Βουλή του Αρείου Πάγου.
Οι άρχοντες, που έγιναν δέκα για να αντιστοιχεί ένας σε κάθε φυλή, θα εκλέγονταν από την Εκκλησία του δήμου και ο κατάλογος των υποψηφίων αρχόντων θα καταρτιζόταν από τις φυλές.
Η σημαντικότερη αλλαγή έγινε στη Βουλή των τετρακοσίων, την οποία στο εξής θα αποτελούσαν πεντακόσιοι βουλευτές, πενήντα από κάθε φυλή, και στην οποία είχαν δικαίωμα και οι μεσαίοι Αθηναίοι που ανήκαν στην τάξη των ζευγιτών.
Οι νέοι πολίτες, δηλαδή οι Οργεώνες και οι μέτοικοι, δεν κατατάχθηκαν στις τάξεις ανάλογα με το ετήσιο εισόδημά τους, αλλά τοποθετήθηκαν όλοι στην τελευταία τάξη, στους θήτες.
Και με τη μεταρρύθμιση του Κλεισθένη το πολίτευμα παρέμεινε ολιγαρχικό–αριστοκρατικό με ενεργότερο πολιτικό ρόλο των μεσαίων Αθηναίων, που τους επετράπη να γίνονται και βουλευτές, και αναβάθμισε τον ρόλο των απλών πολιτών, που μπορούσαν πλέον να μετέχουν σαν άτομα–πολίτες στα θεσμικά όργανα που τους επιτρεπόταν.
Η μεταρρύθμιση του Κλεισθένη δεν απέβλεπε στην κατάργηση της εξουσίας των ευγενών, αλλά στον εκσυγχρονισμό της.
Εξάλειψε τις αιτίες που δημιουργούσαν τις εμφύλιες διαμάχες για την εξουσία, και δημιούργησε ένα καθεστώς ισονομίας και ισηγορίας για όσους ανήκαν στην πρώτη τάξη των ευγενών, ώστε να διεκδικούν με ίσους όρους την εξουσία και να μην μπορεί να την καταλάβει πλέον ο τοπικός "ηγεμόνας" στηριζόμενος στην ισχύ του γένους του.
Ο Κλεισθένης δεν επιδίωξε, επομένως, να διασπάσει την ανώτερη (ιθύνουσα) τάξη και χρειάστηκαν πολλά ακόμα χρόνια για να διασπαστεί –και όχι οριστικά– και ακόμα